LA TGIR HUMA-NUM ET NAKALA

La très grande infrastructure Huma-Num

Eliane CAILLOU le 16/06/2020
La TGIR Huma-Num

INTRODUCTION

La très grande infrastructure de Recherche Huma-Num ou la TGIR des humanités numériquesa été mise en place pour accompagner les chercheurs en SHS dans la gestion numérique de leurs projets et de leur travaux. Elle est ouverte à l’ensemble des programmes de recherche de l’enseignement supérieur que ce soit dans les UMR, UPR, les structures fédératives telles les MSHS, les instituts etc… Elle rentre dans la grande famille des archives ouvertes en tant qu’archive disciplinaire et offre de nombreux services dédiés aux chercheurs. Elle propose ainsi le traitement, la conservation pérenne, l’accès et l’interopérabilité des données, une plateforme d’accès : ISIDORE. Son domaine d’intervention est national et européen.

Nous allons voir dans cet article comment travailler avec les outils dédiés proposés par la plateforme.

Pour en savoir plus sur Huma-Num..


I. VOUS SOUHAITEZ EXPOSER VOS DONNEES SUR HUMA-NUM ?

UN SEUL OUTIL : NAKALA

logo Nakala
Logo Nakala

Vous êtes une équipe de recherche, un chercheur qui participe à un programme de recherche, il vous suffit d’envoyer un mail à l’équipe d’Huma-Num à cette adresse: cogrid@huma-num.fr. Si votre projet est accepté, vous bénéficierez d’un espace dédié et d’une ouverture de compte sur Nakala Vous pourrez alors commencer à déposer. Comme vous pouvez le voir ici, à la différence de Hal archive ouverte, vous devez demander un accès aux administrateurs de Nakala.

L’outil en lui-même vous propose deux grands types de services

  • des services d’accès aux données
  • des services de présentation des métadonnées.

Vous déposez ainsi vos données de recherche dans un entrepôt sécurisé qui va en assurer la conservation et la pérennité en suivant les évolutions techniques du Web.

II. NAKALA MODE D’EMPLOI

Les vidéos qui suivent vous indiquent comment vous identifier, déposer et diffuser vos données avec Nakala1 . Vous pouvez les retrouver sous l’onglet “ressources sur portail huma-num. Celui-ci, à l’image de Hal, met à disposition un ensemble de tutoriels d’autoformation pour se familiariser avec l’outil.

IDENTIFIEZ-VOUS SUR NAKALA 2

Identifiez vous sur Nakala


DEPOSEZ VOS DONNEES SUR NAKALA 3

Déposer vos données sur Nakala


DIFFUSER VOS DONNEES AVEC NAKALA 4

Diffuser vos données avec Nakala


II. VOUS SOUHAITEZ RENDRE VISIBLES VOS DONNEES SUR ISIDORE ET/ OU CREER LE SITE WEB DE VOTRE PROJET ?

UN SEUL OUTIL : LE PACK NAKALONA 5

Logo Nakalona

Huma-Num vous propose gratuitement Nakalona. Fonctionnant « au-dessus » de NakalaNakalona vous permet de gérer vos données et leur synchronisation avec Nakala et ce, depuis l’interface de gestion d’Omeka. Il est compatible et optimisé pour le signalement de vos documents dans IsidoreOmeka quant à lui, est un CMS ( Content Management system). Il vous permettra, comme WordPress ou Drupal de réaliser le site web dynamique de votre projet de recherche. Pour diffuser vos données en ligne, signaler votre travail sur le moteur de recherche Isidore, créer le site web de votre travail, vous devrez, là aussi, envoyer un mail à l’équipe d‘Huma-NUM, pour obtenir le pack Nakalona.


IV. VOTRE SITE WEB AVEC OMEKA

LE CMS OMEKA

LISTE DES PLUGINS DISPONIBLES DANS OMEKA 6

Logo Omeka

Les plugins ou widgets sont des extensions qui, installées sur votre CMS Omeka vous permettent d’élargir les fonctionnalités de votre site web. Avec shortcode carrousel vous pouvez ainsi intégrer des carrousels d’images dans vos pages web, avec zotero import, vous pouvez importer des bibliographies zotero dans vos pages web etc…

  • COinS, pour intégrer des métadonnées de citation dans les pages du site Omeka
  • Contribution, pour collecter et gérer les contributions du public
  • CSV Import, pour importer depuis des fichiers CSV
  • CSS Editor, pour modifier l’apparence d’un thème par défaut
  • Dublin Core Extended, pour bénéficier du Dublin Core qualifié
  • Exhibit Builder, pour créer des expositions
  • Guest User, pour créer des utilisateurs avec le rôle “invité”.
  • Hide Elements, pour cacher des éléments de métadonnées
  • HTML5 Media, pour activer HTML5 pour les fichiers audio et vidéo
  • METS Export, pour exporter au format METS
  • NAKALA Export, pour exporter vers NAKALA
  • NAKALA Import, pour importer depuis NAKALA
  • Neatline, pour créer des expositions géo-temporelles
  • OAI-PMH Harvester, pour avoir un moissonneur OAI-PMH
  • OAI-PMH Repository, pour avoir un entrepôt OAI-PMH
  • Search By Metadata, pour réunir les éléments partageant certaines métadonnées
  • Simple Pages, pour créer des pages web
  • Simple Vocab, pour créer des vocabulaires contrôlés
  • Shortcode Carousel, pour créer des carrousels
  • Zotero Import, pour importer des bibliothèques et des collections depuis Zotero.

Ces plugins sont installés par l’équipe d’Huma-Num dans Omeka. Dans tous les cas, vous devez aussi les contacter à l’adresse cogrid@huma-num.fr. si vous souhaiter créer votre site web.


V. HumanID et ses services

Logo HumanID

HumanID est un tout nouveau service qui permet un accès unique à l’ensemble des services d’Huma-Num. La TGIR a fait un effort de centralisation de l’identification pour vous permettre de gagner du temps. Vous pouvez vous identifier grâce à vos identifiants HALORCID mais aussi vos comptes twitter ou Linkedin si vous êtes présents sur les réseaux sociaux. Nous vous rappelons aussi que vous avez la possibilité de vous identifier sur certains services comme Nakala avec vos identifiants institution. Cette démarche, aussi présente sur Hal, tend à se développer pour faciliter votre pratique de manipulation d’une archive ouverte.

DEMARCHE

Il vous suffit d’aller sur humanID et de choisir quelle identification vous préférez.

Copie d'écran HumanID
copie d’écran HumanID

Une fois identifié, vous accédez à une plateforme de services pour gérer votre travail. Vous avez différentes options possibles dont les statistiques de votre site web (Matomo), une plateforme collaborative de stockage et de partage de travail pour vous et votre équipe de recherche (ShareDocs) , Isidore, le moteur de recherche qui “moissonne” les données du web et les rend visibles etc… L’ensemble des services offerts par Huma-Num est là.

humanID services
Huma-Num services

VI. LE GUIDE DES BONNES PRATIQUES

Portail ressources d’Huma-Num
Logo guide des bonnes pratiques

Enfin, pour vous aider dans vos dépôts de données, Huma-Num met à votre disposition un guide des bonnes pratiques dans la rubrique “ressources” du site. 7. On y trouve notamment des indications concernant le dépôt de vos documents en fonction des formats acceptés par les archives ouvertes. Il faut savoir que les archives ouvertes conservent vos données et en assurent un archivage sur le long terme dit “pérenne”. Pour ce faire, le centre informatique national de l’enseignement supérieur (CINES) ainsi que toutes les archives ouvertes qui lui sont affiliées doivent mettre à disposition des documents en formats dits “ouverts” c’est-à-dire NON propriétaires. Par exemple, le format .docx est lié au logiciel propriétaire Word qui appartient à la société Microsoft. C’est l’exemple typique de format à éviter. Pourquoi ? Tous ces formats évoluent avec le web et les versions les plus anciennes ne sont plus lisibles sur les ordinateurs d’aujourd’hui. Pour éviter cet écueil et perdre vos données de recherche, les techniciens informatiques privilégient les formats dits “ouverts” c’est à dire non propriétaires, n’appartenant à aucune société privée et dont le code source est en libre accès Ce sont les formats de type, odt (suite Libreoffice), txt, csv, pdf (seule exception des formats propriétaires acceptés) etc…

Pour connaître plus en détail les formats autorisés pour le dépôt en archive ouverte, une autre adresse : https://facile.cines.fr/. Vous y retrouvez tous les formats de fichiers acceptés que ce soit, image, vidéo, texte, audio, logiciels etc…


CONCLUSION

Cet article ne prétend ps être exhaustif sur le fonctionnement et les services de la TGIR Huma-Num. Nous avons volontairement fait le choix de ne pas aborder les ERIC 8 DARIAH-EU et CLARIN. Nous n’avons pas non plus abordé la notions de consortiums mais nous invitons les chercheurs qui nous liront à approfondir leur connaissance de cette infrastructure pour mieux en appréhender les enjeux sur la science ouverte.

Nous avons essayé de donner un canevas d’utilisation de la TGIR pour les chercheurs en SHS qui souhaiteraient y déposer leurs données

Nous nous empressons malgré tout de les mettre en garde. HAL est l’archive ouverte qui a été choisie par le MESRI pour le dépôt des travaux des chercheurs open access. La fiche RIBAC que les chercheurs affiliés au CNRS doivent remplir chaque année au même titre que la fiche CRAC pour leurs collègues de STM ne prend en compte que les dépôts sur HAL. Le MESRI encourage vivement la pratique de dépôt en archive ouverte mais devant la multiplicité des archives disponibles, il a fallut faire un choix de centralisation des données pour faciliter leur visibilité et éviter leur éparpillement. HAL fut choisie en tant qu’archive ouverte pluridisciplinaire nationale. De ce fait, que ce soit pour NakalaNakalona, Omeka ou la TGIR Huma-Num aucun de ces outils ou infrastructure ne peut remplacer HAL en tant qu’archive ouverte nationale. Ce sont malgré tout des offres supplémentaires dont la pratique fait du chercheur un professionnel sensibilisé aux enjeux de la science ouverte. C’est toujours un bon point à prendre en compte dans son évaluation.

References

1.Une nouvelle version du logiciel est en cours d’élaboration. Voir les actualités du blog d’Huma-Num à l’adresse https://humanum.hypotheses.org/5989
2, 3, 4.https://www.huma-num.fr/ressources/videos
5.https://www.nakalona.fr/
6.https://documentation.huma-num.fr/1058
7.https://www.huma-num.fr/ressources/guides
8.Consortium Européen pour une infrastructure de recherche européenne

ArticleBlogOpen AccessArchives OuvertesDatasDonnées NumériquesHuma-NumMode D’emploiScience OuverteSHSTutoriels

Mise à jour du 12/06/2020


Crédits illustrations : Les images du présent billet illustrent le site d’Huma-Num.

Ce(tte) œuvre est mise à disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution – Pas d’Utilisation Commerciale – Partage dans les Mêmes Conditions 4.0 International

donnees de la recherche versus chercheurs

Pierre (1859-1906) et Marie Sklodowska Curie(1867-1934)

INTRODUCTION

Le présent billet reprend l’analyse d’un article publié dans « Cahiers : Droit, Science et Technologies. Il s’intitule « Pratiques de gestion des données de la recherche : une nécessaire acculturation des chercheurs aux enjeux de la science ouverte ? » et résume une enquête effectuée auprès de chercheurs Montpelliérains dans tous les domaines de la science sauf celui impliquant des recherches sur la personne humaine. Ce dernier domaine, régi par le code de la santé publique, obéit en soi à des règles particulières. Cet article répond à un plan classique avec l’explication de la méthodologie appliquée à l’enquête auprès des chercheurs, effectuée en 2018, les résultats puis enfin l’analyse et la discussion.


Avec la naïveté du personne travaillant dans un service de soutien à la recherche au sein d’un SCD, je pensais que les chercheurs étaient déjà sensibilisés à cette question et que la plupart des laboratoires avaient mis ou mettaient en place une politique de gestion des données de la Recherche pour permettre à leurs collègues aux quatre coins du monde, d’accéder aux données et de pouvoir reproduire la recherche en question et avancer dans une collaboration toujours plus efficace et rapide.

A la lecture de cet article, on découvre que, finalement, peu d’équipes de recherche du bassin Montpelliérain ont mis en place une véritable politique de gestion des données avec des règles précises quant à leur mise à disposition, leur accessibilité, interopérabilité, réutilisation possible. Ces quatre principes, appelés FAIR pour « facile à retrouver, accessible, interopérable et réutilisables » ont été définis à l’échelle mondiale en 2014 par un groupe de chercheurs qui ont ensuite publié le résultat de leurs travaux sur la célèbre revue Nature. Cette publication fut fondatrice des principes FAIR que tout chercheur doit appliquer à ses données s’il veut veut prendre part à des projets de recherche européens financés sur fonds publics par l’Agence Nationale de la Recherche.

Les principes FAIR : Rappel

Les règles sont les suivantes: le travail scientifique doit être doté d’un identifiant pérenne unique tel le DOI pour être facilement retrouvé sur n’importe quelle plate-forme de recherche, les données doivent posséder des conditions de partage connues avec application de licences libres définies telles les créative commons, elles doivent rester accessibles même si elles ne sont plus disponibles, le lieu de consultation doit être clairement identifié, si un logiciel est nécessaire pour lire ces données, celui-ci doit être mis à disposition de tous (privilégier les logiciels libres et mettre à disposition le code source de l’outil), quand les données ne peuvent pas être diffusables, il est recommandé de dire pourquoi et pendant combien de temps, les standarts internationaux en terme de formats de données doivent être utilisés pour favoriser leur interopérabilité (privilégier les formats libres aux formats propriétaires (odt suite openoffice plutôt que docx de Microsoft par exemple).

L’ensemble de ces règles doit clairement être rédigé dans un plan de gestion des données ou data management plan et transmis à l’ANR dans les six mois qui suivent le dépôt de candidature à un projet de recherche européen. Ceci représente la règle actuelle telle que définie par l’ANR. Si l’on lit l’article sur les chercheurs Montpelliériens, que constate t- on ?

Gestion des données et stockage.

Les données restent encore stockées sur des clés USB, ordinateur personnel, cloud. Très peu de chercheurs font appel à des entrepôts de données organisées qui gèrent les données pour en assurer leur pérennité. Certains ne connaissent pas la politique de l’établissement en la matière et ne savent pas, quand il existe une archive institutionnelle, qu’elle est à leur disposition pour assurer le dépôt de leurs données en toute sécurité.

Disparité

Bien sûr il existe des disparités en fonction des domaines de recherches, les scientifiques en sciences dures physique chimie, biologie, mathématiques semblants plus sensibilisés à la problématique de la gestion des données de la Recherche que les chercheurs en sciences humaines. Mais, globalement, peu d’entre eux ont réfléchi en amont de leurs recherches pour mettre en place une politique globale de gestion de leurs données.

 » […] seulement 28 % des répondants ont fait appel à des dispositifs d’entrepôts de données, à des serveurs publics d’archivage et conservation ou à des serveurs ou entrepôts privés. Les deux tiers des répondants (105/155) n’avaient mobilisé aucun standard, norme ou procédure d’organisation de leurs données. […] »

Pratiques de gestion des données de la recherche : une nécessaire acculturation des chercheurs aux enjeux de la science ouverte ? Résultats d’une enquête exploratoire dans le bassin montpelliérain (juin 2018) Philippe Amiel, Francesca Frontini, Pierre-Yves Lacour et Agnès Robin p. 147-168 https://doi.org/10.4000/cdst.2061

Confidentialité

Les données de travail étaient facilement partagées avec un collègue et seulement 39 % avaient réfléchi à la notion de partage et de confidentialité. Dans le cadre d’un partage plus large avec la communauté universitaire, aucune notion de droit, de législation d’usage, n’avait été pensé, soit l’acceptation du partage dans les mêmes conditions, soit le partage à des fins commerciales ou non, soit l’autorisation de partage avec modifications etc…

Organisation de moyens techniques pour favoriser la traçabilité des données :

Les moyens sont très divers pour garantir la traçabilité des données. Le cahier de laboratoire est très souvent utilisé. Il sert à consigner au jour le jour les opérations de recherche et en assurer une traçabilité. Il est aussi question de base de données, journaux de bord électroniques, bref d’outils pensés au coup par coup et crées en fonction des besoins.

La propriété des données

Les chercheurs travaillant sur des projets financés sur fonds publics perçoivent la propriété des données de leur recherche comme appartenant au domaine public. Quand la recherche est financée par le laboratoire lui-même, les chercheurs perçoivent l’établissement pour lequel ils travaillent en tant que propriétaires des données, la propriété pouvant être partagée avec les chercheurs de l’établissement. Quand la recherche est financée sur fonds privés, ce sont les organismes financeurs qui sont perçus comme propriétaires des données. Quand un contrat existe entre les deux parties et que la propriété des données est définie, tout va bien mais quand aucun contrat n’existe, le chercheur sait-il qu’il reste le premier propriétaire de ce qu’il produit et peut négocier auprès d’un éditeur des avenants à son contrat de publication pour garder la main sur la diffusion de ses données ? Pas sûr

La diffusion des données

Les chercheurs à ce niveau là ont des lacunes. Si un contrat existe et définit entre deux parties la façon précise dont les données doivent être diffusées, les chercheurs ne sont pas perdus. Par contre, quid des données quand il n’existe aucun contrat et comment les diffuser pour rester dans « les clous » de la législation du domaine. Quid des licences libres de type créative commons qui définissent les conditions de partage et de diffusion des données ?

« Les concepts généraux en lien avec la notion de propriété et les notions voisines (domaine public, propriété publique, bien commun, donnée publique) restent également méconnus ou mal distingués les uns des autres. Cela est problématique dans le contexte actuel de mise en place de la politique publique de science ouverte

« Pratiques de gestion des données de la recherche : une nécessaire acculturation des chercheurs aux enjeux de la science ouverte ?  » Résultats d’une enquête exploratoire dans le bassin montpelliérain (juin 2018) Philippe Amiel, Francesca Frontini, Pierre-Yves Lacour et Agnès Robin p. 147-168 https://doi.org/10.4000/cdst.2061

La fin de l’article souligne les manques de connaissance des chercheurs dans différents domaines : méconnaissance des concepts, des enjeux liés à l’open data. Ils ont tendance à considérer que les politiques de gestion des données à définir pour faciliter les échanges, la diffusion, la pérennité du savoir se résume à une contrainte administrative supplémentaire qu’on leur impose et qu’un personnel administratif de type gratte-papier peut très bien convenir pour remplir la tâche pendant qu’eux se consacrent au coeur de leur travail : la Recherche.

CONCLUSION

Comprennent-ils vraiment que les contraintes imposées et les notions liées à la science ouverte ne sont là que pour favoriser la libre circulation de leurs travaux, faciliter les collaborations, renforcer l’efficacité et la visibilité de la Recherche française à l’international. Comprendre es enjeux de la science ouverte et obéir à ses principes, c’est permettre à la Recherche française d’être compétitive et reconnue dans des classements justes au delà du classement de Shangaï, ceux qui prennent en compte la qualité d’un contenu, de sa formalisation, de sa mise à disposition, de sa reproductibilité grâce aux bonnes pratiques qui sont appliquées.

Mise à jour le 15/05/2020

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Le plan de gestion des données

21/04/2020
opidor
Logo Opidor

INTRODUCTION

En 2019, l’Agence Nationale pour la Recherche a décidé de mettre en place des procédures obligatoires qui vont dans le sens de la promotion de la science ouverte. Dans le cadre du programme Horizon 2020, tout projet de recherche financé au moins par moitié par l’état doit être diffusé en accès ouvert pour permettre au plus grand nombre d”accéder aux résultats de cette recherche en toute transparence. Du bon usage de deniers publics, le contribuable peut donc vérifier à quoi et comment est employé son argent. Indépendamment de cette exigence de transparence, mettre les données de la Recherche en accès ouvert participe à leur libre circulation et aux échanges entre chercheurs.

Parmi les procédures obligatoires, il est est une qui réclame la rédaction de la part de l’équipe de recherche qui candidate sur un projet financé sur fonds publics d’envoyer lors de sa candidature au dit projet un plan de gestion des données ou PDG dit DMP en anglais (Data Management Plan)

De nombreux écrits ont été publiés à ce sujet et notre propos n’est pas d’en faire l’analyse mais d’être avant tout concrêt et concis

Des DMP publics sont accessibles sur le site DMP Opidor de l’INIST. Ils fournissent des modèles dont les chercheurs peuvent s’inspirer lors de la rédaction de leur propre DMP

Nous avons choisi de mettre en avant celui de l’Université Paris 7 Denis Diderot car il est clair, simple et permet de dégager les principales lignes importantes pour la rédaction dudit DMP.

REDACTION DU DMP SELON UN MODELE

« Ce plan de gestion des données est proposé par les Universités Paris Descartes et Paris Diderot. Il s’adresse prioritairement aux chercheurs affiliés à ces deux établissements et à la ComUE Sorbonne Paris Cité mais reste un outil accessible et utilisable par tous. Il intègre dans sa structure et ses recommandations les principes des FAIR Data désormais attendus de certains financeurs comme la Commission Européenne. Si le plan de gestion de données doit rester un document “unique”, nous proposons une structuration en 4 étapes fruit de nos échanges avec le terrain. Les trois premiers onglets peuvent faire l’objet d’une première version adressée dans les 6 premiers mois suivant l’acceptation du projet (critère H2020) puis de mises à jour régulières. L’onglet 4 étant, quant à lui, attendu lors de la phase finale d’évaluation du projet. Au regard de notre expérience, ce découpage nous semble plus réaliste vis à vis de la montée en charge d’un projet de recherche et plus à même de garantir une gestion des données conforme aux objectifs du projet. »

Université de Paris 7. Denis Diderot


GENERER SON DMP : une autre solution

Une autre solution simple et rapide sera de générer son propre DMP. Vous devrez alors vous identifier de façon personnelle ou en passant par votre institution comme sur HAL.fr.

Une fois entré sur le portail OPIDOR, vous pourrez vous même générer votre DMP d’après les modèles qui vous sont proposés sur dmp.opidor. Pour se faire, vous suivrez préalablement en ligne le tutoriel mis à votre disposition. Il vous indiquera les différentes étapes et recommandations à respecter.

GUIDE GTSO-COUPERIN : une aide supplémentaire

Pour améliorer vos chances de rédiger une candidature conforme aux règles de la Science ouverte en vigueur pour les projets financés sur fonds publics, un guide est aussi à votre disposition.

« Le Groupe Données du GTSO-Couperin a travaillé à un guide à destination des porteurs de projets ANR pour les aider à intégrer les aspects Science Ouverte à leur projet lors de la rédaction de celui-ci. La date limite de dépôt des projets ANR (AAPG) est le mercredi 20 mai, soit dans un mois. »

Romain Féret – Pilote du GT Données du GTSO-Couperin

Armés de tous les outils nécessaires, il ne vous reste plus qu’à rendre votre copie pour le 20 mai.


dandelion
Dandelion. Image libre de droits

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Pour une culture du Libre

06/04/2020

Il est très difficile aujourd’hui d’arriver à produire du neuf avec tous ces articles qui sortent sur le coronavirus et sur la science ouverte

Tout a été dit ou presque car tous les jours de nouveaux articles sortent, le mien y compris

Les blogs fleurissent, les articles de journaux sont pléthore et les revues scientifiques mettent en masse leurs articles en libre accès le temps de la pandémie

Cependant, dans ce flux d’informations où l’on se noie tous, des voix s’élèvent pour dire paradoxalement que l’accès au Savoir n’est pas assez ouvert.

Au début, je n’ai pas compris, il n’ y a qu’à se pencher et se servir, on trouve des fakes, des articles du Monde, du Temps, du New York Times, des journaux sur abonnement qui ouvrent leur contenu et en côtoient d’autres, en accès ouvert depuis longtemps.

On trouve aussi des articles scientifiques publiés dans des revues de renom commme The Lancet ou The New England journal of Medecine,

Couperin met lui-même à disposition une liste à jour des revues qui passent en accès ouvert le temps de la crise.

Alors pourquoi lancer ce pavé dans la mare et venir nous dire qu’il n’y a pas assez d’infos.

Car parallèlement à cet afflux, on entend aussi que les chercheurs du monde entier n’ont pas accès à l’info sur le Covid 19 ????

On lit aussi que le Libéria au temps d’EBOLA 1 n’avait pas accès à l’information scientifique car payante et trop chère pour eux, que les chinois eux mêmes au moment de l’arrivée et de la montée en masse de la pandémie étaient déjà sur le pont en décembre et début janvier avec des observateurs de terrain à Wuhan. Ils se servaient encore et toujours des réseaux sociaux pour communiquer l’existence d’une contamination du covid19 d’humains à humains. 2

Le 20 janvier l’état chinois reconnaissant lui-même cette contamination.

Mais la nouvelle n’a été publiée dans les revues prestigieuses anglophones internationales que le 27 et 28 janvier 2020.

Mieux, le gouvernement chinois encourageait les publications locales et non internationales. Le MoST (Ministère de la Science et de la Technologie) ordonnait aux universités chinoises de limiter le recours aux articles à facteur d’impact […] stipulant ainsi que le nombre de documents ne peut pas être employé comme critère essentiel pour apprécier les performances de la Recherche.

On apprend aussi que la litterature scientifique mondiale COVID 19 n’est accessible en libre accès que pour la production la plus récente mais que les scientifiques ont publié sur le sujet, depuis les années 1960 et que ces articles (plus de 13000) ne sont pas en libre accès.

On pourra nous objecter que ce sont des articles anciens moins pertinents pour le sujet qui nous occupe mais il se trouve que des articles récents de la Recherche sur le covid19 sont alimentés par des observations décrites dans ces articles plus anciens, datant parfois de 1988 et non disponibles en accès ouvert

Alors, les éditeurs font peut-être des efforts pour mettre en ligne gratuitement des revues prestigieuses mais où peut-on trouver la totalité de la production scientifique COVID ? En réalité, nul part moins de payer.

Elle dort dans des archives d’éditeurs scientifiques prestigieux . Ils mettent à libre disposition la frange congrue d’un savoir dont les chercheurs ont certes, besoin pour travailler. Mais celle-ci reste incomplète, à moins encore une fois, de payer pour y accéder.

Alors question : Le Savoir est-il toujours condamné à appartenir aux Puissants ? Aux 21e siècle ce ne sont plus les Eglises mais les éditeurs scientifiques : Elsevier, Springer, Taylor et Francis, Wiley pour ne citer qu’eux.

La vie n’a pas de prix. En gardant cette partie de la litterature scientifique en accès payant c’est la vie humaine qu’ils prennent en otage au nom du Profit et de l’Argent

Cependant, au milieu de tout ce charivari, on trouve de bonnes nouvelles, des bouillonnements ont encore lieu, du nouveau, des essais, de la créativité.

Et de là, émergent des découvertes. Il faut ainsi s’intéresser aux pré-print dont le nombre de publications explose en ce temps de covid. Les chercheurs sont au travail et échangent leurs résultats via les serveurs de pré-print medRxiv et bioRxiv3

Le phénomène de création sans lequel la Recherche n’est rien n’a pas tout à fait été acheté par les grands éditeurs. Il est encore là, dans ces serveurs qui proposent la lecture gratuite et les communications scientifiques qui n’ont pas encore été labelisées par les pairs.

Les chercheurs se reconnaissent entre-eux et reconnaissent la validité de leur travail quand c’est le cas. Ces pré-prints sont le terreau, la richesse, de la recherche mondiale, sans frontière ni géographique, ni d’argent.

La Recherche doit se disséminer aussi rapidement que le virus” lit-on dans le Temps si l’on veut avoir une chance d’éradiquer cette pandémie.

Nous disposons d’autres outils pour celà. Des plateformes de dépôts et d’échanges tel Github qui permettent de déposer des plans, des données, des logiciels à partager.

Tels les respirateurs. Framasotf, association qui milite pour le partage des données nous rappelle qu’en France, un seul producteur de respirateurs existe alors que la demande explose dans notre pays.

Le manque actuel de respirateurs aurait pu être amoindri si les techniques de fabrications professionnelles et des plans librement réutilisables avaient été diffusés depuis longtemps”

Et que dire du gel hydroalcolique dont la fabrication n’a pas souffert de dépôt de brevet. ?

Son inventeur a développe pour l’Organisation Mondiale de la Santé une formule de gel hydro-alcoolique libre de tout brevet, qui a été associée à un guide de production locale complet pour favoriser sa libre diffusion.”

Aujourd’hui nous en fabriquons nous même. J’ai vu sur les réseaux sociaux nombre d’initiatives de fabrication de gels hydroalcooliques réalisés par les étudiants en chimie ou biochimie dans les laboratoires de recherche et fournis au personnel soignant quand il y avait des manques.

L’intelligence collective est à l’oeuvre chez le chercheurs. Il faut faire vite pour sortir d’une crise sanitaire sans précédent. Mais encore faut-il leur donner les moyens, TOUS les moyens pour y arriver.

Les solutions passent par l’accès ouvert total et la gratuité du Savoir. L’Association Framasoft a ainsi relayé une initiative de :

  • Lionel Maurel, Directeur Adjoint Scientifique, InSHS-CNRS ;
  • Silvère Mercier, engagé pour la transformation de l’action publique et les communs de capabilités ;
  • Julien Dorra, Cofondateur de Museomix

qui militent pour “Pour un plan national pour la culture ouverte, l’éducation ouverte et la santé ouverte”

Ce n’est probablement qu’à ce prix et en abandonnant la course au profit et à la domination, en encourageant les initiatives individuelles et la liberté d’accès au Savoir que le vrai Savoir se dégagera de ce bouillonnement créatif gratuit vers une amélioration de la Condition Humaine


Image mise en avant : image colorisée d’une cellule infectée (en vert) par le SARS-COV-2 (en violet) – CC BY NIAID Integrated Research Facility (IRF), Fort Detrick, Maryland

Ce(tte) œuvre est mise à disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution – Pas d’Utilisation Commerciale – Partage dans les Mêmes Conditions 4.0 International.

References

1, 3.https://www.letemps.ch/sciences/coronavirus-met-revues-scientifiques-pression
2.The Coronavirus (COVID-19) outbreak highlights serious deficiencies in scholarly communication écrit par Vincent Larivière, Fei Shu et Cassidy Sugimoto. paru le 5 mars 2020 sur LSE Impact Blog (London School of Economic)

Le digital labor

digital labor
Image libre de doit. Everypixels.com

Cet article va reprendre et commenter certains points soulevés par S.I.Lex dans son billet de blog Et si l’open access était une question de digital labor, du 03/02/2020.

S.I.Lex alias Lionel Maurel est juriste et bibliothécaire bien connu de la communauté des professionnels et chercheurs en science de l’information. Son blog a dernièrement fait l’objet d’une publication qui reprend ses interventions.

Dans l’article qui nous occupe, il s’intéresse à la perception du chercheur à propos du travail lié au dépôt de données en archive ouverte.

Le chercheur, en général, considère que ce type de tâche ne fait pas forcément partie de ses attributions. Celles-ci sont sont avant tout liées à son travail de recherche pur.

Le fait de déposer ses travaux en archive ouverte correspond pour lui à une tâche administrative secondaire et pénible qui doit être rapide pour ne pas perdre de temps et pouvoir se consacrer à se qui importe : le coeur de son métier

En tant qu’ancienne bibliothécaire assistante spécialisée sur une base aérienne, j’ai pu constater ce phénomène quand on côtoie une élite donnée et que l’on doit, sinon travailler avec eux, du moins travailler pour eux.

Les officiers de l’Armée de l’Air avaient une piètre idée du métier de bibliothécaire. Nous étions des obscurs qui travaillions la journée sur ordinateur, dans des bureaux. Nous faisions partie des « pailleux », terme péjoratif désignant le personnel administratif.

En lisant S.I.Lex, j’ai retrouvé cette logique.

bibliotheque
Bibliothèque. Image everypixels.com

Le médecin par exemple, qui ne veut pas passer trop de temps à des tâches administratives pour rentrer les données de ses patients sur ordinateur et qui délègue à la secrétaire quand il a les moyens d’en avoir une.

L’officier de l’Armée de l’ai qui fait partie du personnel volant et qui délègue le travail d’enregistrement de vol, la mise à jour des cartes aéronautiques au vieux pailleux sous officier, personnel au sol en fin de carrière.

Le chercheur qui préfère quand c’est possible demander le recrutement d’un personnel de bibliothèque dédié à la rentrée des données sur archives ouvertes pour pouvoir se consacrer à temps plein à un travail plus noble : sa recherche.

La collègue qui me rapporte une anecdote métier car elle découvre très étonnée que les enseignants du supérieur ne connaissent pas le niveau de formation des bibliothécaires toutes catégories administratives confondues et qui sont étonnés quand ils apprennent que ces derniers sont comme eux, issus pour la plupart des études supérieures.

Celà m’amène à m’interroger plus profondément sur l’identité professionnelle du bibliothécaire. S.I.Lex nous parle de « travail de secrétariat ». Je pourrais rajouter d’interchangeabilité.

Peut-on comparer un personnel administratif d’une université avec un bibliothécaire de cette même université. Bien sûr, non ! Ils ne font pas le même métier. Mais au fait quel est le métier de ce dernier ? Il n’est pas connu. C’est un problème

Sommes nous des gratte-papier comme certains chercheurs nous perçoivent et comme S.I.Lex le souligne.

C’est avant tout le travail qui nous définit. Nous sommes au service de. Au service de nos lecteurs, au service des chercheurs, des enseignants, bref de la communauté universitaire dont nous faisons nous même partie mais dont nous sommes perçus comme « en dehors de ».

Pourquoi ? Interrogeons-nous. Quelle est notre matière de travail, sur quoi fondons nous notre activité. C’est avant tout un savoir faire que nous essayons d’apprendre et de maîtriser pour ensuite l’inculquer et le transmettre aux autres, se mettre aussi au service de ceux qui ont besoin de ce savoir faire à un moment donné.

Notre profession a toujours été au coeur d’un débat dont je me garderais bien de prendre partie : Savoir- faire ou Savoir faire érigé au rang de science au même titre que les matières qu’enseignent et développent les chercheurs ?

C’est avant tout celà qui m’interroge et que j’ai perçu tout au long de ma carrière en fonction des différents interlocuteurs que j’ai pu avoir en face de moi.

A l’heure où effectivement l’on perçoit l’importance des enjeux liés aux données, qu’elles soient privées, données de la Recherche, données publiques, données transmises et partagées, le bibliothécaire devient le point central qui travaille avec la donnée alors que l’informaticien travaille sur la donnée.

Nous ne sommes plus très loin l’un de l’autre et le bibliothécaire grâce à celà retrouve un peu sa place et sa justification d’existence. On se rend compte qu’on en a besoin, qu’il n’est pas que là pour faire les emprunts, les retours, mais on découvre qu’il dispose d’un savoir faire dont le chercheur va avoir besoin.

Mais à la différence de S.I.Lex , je ne crois pas que le temps fera évoluer les esprits. Il ne faut pas nous tromper. Nous participons à un savoir faire qui peut être mis au service du Savoir. Mais je ne suis pas sûre que notre pratique soit un Savoir à part entière au même titre que les mathématiques, la chimie, la médecine etc…

Existe-t-il à l’école une matière bibliothéconomie, gestion des données ?

Ce débat resurgit à l’heure de l’open access et au moment où la collaboration entre chercheurs et bibliothécaires devient nécessaire mais c’est déjà un vieux débat qui a secoué les générations précédentes de bibliothécaires et qui repose aujourd’hui dans les livres sur l’Histoire des bibliothèques.

Le point positif à l’heure actuelle est la mise en avant ce savoir faire pour aider les chercheurs. Il représente une de nos justifications essentielles d’existence en bibliothèque universitaire.

Alors vive la collaborations enseignants-chercheurs et bibliothécaires , tous au service du Savoir, de sa propagation, de sa vulgarisation et au final du Progrès.

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Mise à jour le 2/03/2020

Le temps est a l’évaluation

image du facilitateur graphique Philippe-Elie KASSABI

Comme le titre de l’article le précise, le temps est à l’évaluation et il y a beaucoup à dire.

Evaluations des chercheurs, d’une unité, d’une structure, d’une université il n’y a qu’à se pencher pour faire son marché.

Avec l’apparition et l’avènement de l’open access ainsi qu’une politique publique orientée vers la mise à disposition des résultats de la Recherche pour le grand public, l’évaluation du chercheur doit évoluer et prendre en compte ce facteur.

Dans cet article, nous allons nous intéresser à deux points :

  • l »évaluation d’une unité de Recherche dans une université
  • l’évaluation du chercheur lambda dans une université française.

Pour ce faire, nous allons nous appuyer un document officiel à savoir :

« Le référentiel d’évaluation d’une unité de Recherche, vague B 2020-2021 » publié par « Le Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur » (Hcéres)

Nous ferons aussi appel au site du CoopIST, destiné aux chercheurs et professionnels de l’information, et outil appartenant au CIRAD, organisme français de recherche agronomique.


ordianteur. image libre de droit
ordinateur. Image libre de droit

Le référentiel d’évaluation du HCERES est très clair et se veut objectif et pertinent. Il présente tout d’abord le processus global d’évaluation

PROCESSUS GLOBAL D’EVALUATION

D’abord, les chercheurs de l’entité doivent effectuer une auto-évaluation de leur laboratoire puis celle -ci est complétée par un évaluation externe , indépendante et collégiale par des pairs dans le domaine de recherche de l’unité.

Depuis 2014, la notation a disparu au profit d’une appréciation par critère sous forme textuelle.

Chaque année, l’évaluation est actualisée, l’objectif principal étant l’identification de pistes d’amélioration concernant 3 points

  • Les pratiques de politique scientifique (production de connaissances, interaction avec l’environnement soci-économique, implication dans la formation aux chercheurs, master, doctorat)
  • L’organisation interne (la vie en unité, le respect de la parité etc…)
  • Les objectifs stratégiques ( les projets à 5 ans)

Les résultats du rapport rédigé par les experts du HCERES se retrouvent en ligne sur le site du Haut comité. Ils peuvent ainsi être lus par tous. L’information se veut transparente et permet à tout un chacun, chercheur, étudiant, public quel qu’il soit, de prendre connaissance des activités et du positionnement de l’unité

Après la présentation du processus global d’évaluation par lequel va passer l’unité, le HCERES rentre dans le détail et définit sa méthodologie en trois points.

Laboratoire d'analyse. Image libre de droits
Laboratoire d’analyse. Image libre de droits

METHODOLOGIE

L’Evaluation de chaque point s’appuie sur des éléments concrêts. A partir de faits observables, les experts dégagent des indices de qualité.

Pour évaluer par exemple les pratiques de politique scientifique, les experts vont par exemple s’intéresser aux faits observables suivants :

  • Résultats de la recherche du laboratoire: a-t-il fait des découvertes ? Lesquelles ? Sont-elles importantes pour la société ? Quel impact ?
  • Activités du laboratoire : Est-il dynamique ? Ses membres participent-t-ils a des consortiums, des colloques ?
  • Notoriété du laboratoire : partenariat avec les entreprises locales, nationale internationales, est-il connu et visible ? Est-il attractif dans son domaine de compétence ?
  • Diffusion de l’information et transparence Publie-t-il vers le grand public ? Comment, fréquence, avec quel outil ?
  • Implication dans la formation : l’unité produit-elle des documents à usage pédagogique pour ses étudiants ? Participe-t-elle a des programmes éducatifs ?

La notorité du laboratoire, son implication dans la formation vont être des indices dits « de qualité ».

Le rapport insiste sur le fait qu’il utilise aussi des indices quantitatifs mais que ceux ci ne peuvent fournir qu’une information incomplète à l’évaluation et que l’appréciation qualitative prime avant tout.

« il existe des indicateurs quantitatifs, ceux-ci ne peuvent fournir qu’une aide à l’évaluation pratiquée par les pairs à l’HCERES. En effet, la qualité d’une activité, d’une production ou d’un résultat ne sauraient se réduire à des éléments quantitatifs« 

Cette citation indique un désir officiel et explicite d’aller vers une évaluation qualitative plus que quantitative.

Ce référentiel fait aussi apparaître un critère important concernant la communication des résultats de la Recherche. Comment l’unité communique-t-elle les résultats de son travail ? Apparaît ainsi une exigence de visibilité, que ce soit auprès du grand public mais aussi auprès des communautés d’autres chercheurs pour faire connaître ses activités et travailler en collaboration pour avoir une plus grande efficacité quand celà se révèle possible et nécessaire.

L’Access ouvert des données avec la publication des données de la Recherche en archive ouverte n’est certes pas explicitement cité mais est bien présent :

Il est écrit en bas de la page 7:

« Le comité d’experts apprécie les différentes activités et réalisations par lesquelles la recherche contribue au processus d’innovation et conduit à des impacts sur l’économie, la société, la culture, la santé, diffusion de l’information scientifique vers le grand public« .

Reste à savoir comment évaluer l’activité des chercheurs qui publient en archive ouvertes. Et là, je ne vois pas trop comment éviter les indicateurs quantitatifs même s’ils doivent être interprétés à l’aune d’ autres éléments pour nuancer les chiffres.

Il n’en reste pas moins que faire d’un chiffre un critère de qualité reste dangereux.

Je n’ai rien contre Guillaume Musso mais la quantité de livres qu’il a vendu signifie-t-elle qu’il est un écrivain de grande qualité littéraire ?

Bon, ok, Guillaume MUSSO n’est pas chercheur et mon exemple est un peu discutable mais quand même, il est parlant.

Pour répondre au problème posé, Bernard RENTIER a fait une proposition :

Il propose d’abandonner le h-index et de s’appuyer sur les critères de l’Open science and researcher carreer progression puis les adapter au domaine de recherche du chercheur à évaluer.

Déverouillage. image libre de droits

Il écrit ainsi :

1. Utilisez toujours un canevas à critères multiples tels que l’OS-CAM (Open Science Career Assessment Matrix) inclus dans l’Open Science Toolbox de la Commission Européenne). Veillez à adapter cette grille matricielle aux spécificités du domaine de recherche (comme expliqué ici, au chapitre 6),

2. Classez les critères par ordre d’importance en fonction de vos objectifs spécifiques (compétences attendues, mérites, réalisations), et veillez à favoriser les objectifs de la Science Ouverte.

3. N’utilisez jamais d’indicateurs indirects et/ou peu pertinents tels que le nombre absolu de publications, les facteurs d’impact des revues ni leurs produits dérivés. En règle générale, n’utilisez pas de chiffres ou de mesures numériques.

4. Demandez à la personne évaluée de sélectionner au maximum une publication par an qu’elle considère comme la meilleure.

5. Veillez à ce que la personne évaluée remplisse d’abord elle-même la grille. Vérifiez que toutes les notes d’évaluation sont justifiées. Si ce n’est pas le cas, faites une enquête auprès de l’entourage proche de la personne évaluée. »*

Goutte d’eau. Image libre de droits

Ainsi, pour faire une évaluation qualitative d’un chercheur, il existe des solutions et des grilles établies par des spécialistes qui ont réfléchi au sujet. Pourquoi ne pas tout simplement s’inspirer de ces grilles pour revoir les critères d’évaluation du chercheur ? Plus de h-index et autres indicateurs Citescore ou altmétrics mais des critères de qualité qui demandent bien sûr un plus long travail d’analyse qui s’attache sur le contenu et non plus sur de simples chiffres déconnectés de la réalité ou ne traduisant pas la totalité de cette réalité. A vrai dire, ce billet est plus long que les autres mais l’évaluation du chercheur est en cours de révision et est sujet à multiples débats vifs entre chercheurs et spécialistes. Celà reste un sujet primordial pour la science ouverte car si les critères d’évaluation ne prennent pas en compte cette pratique, à quoi bon l’encourager auprès des chercheurs ? Et si les critères quantitatifs prennent encore aujourd’hui une place primordiale dans la notation du chercheur au détriment d’une évaluation qualitative du contenu, à quoi bon faire une évaluation qui n’évaluera pas la pertinence et la qualité de la recherche française ?

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Mise à jour le 10/10/2020

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Le data mining

cube figurant le data mining

Cette semaine, je me suis intéressée à la fouille de textes à partir d’un corpus donné.

Ce service proposé par l’INIST-CNRS m’a paru pratique et utile pour les chercheurs.

Ca semble compliqué mais il faut juste essayer et des formations existent dans le but d’aider à la prise en main des outils en question.

L’INIST, Institut National de l’Information Scientifique et Technique propose des formations au Data Mining ou DTM à partir d’un corpus donné, extrait d’ISTEX.

Istex, quezaco encore ? Un nouvel acronyme pour bibliothécaire…

ISTEX est une plateforme sur laquelle le chercheur et l’étudiant peuvent retrouver un ensemble de ressources documentaires acquises pour l’enseignement supérieur sous forme de Licences nationales.

Ces ressources rétrospectives d’e-books et de revues éléctroniques ont été négociées auprès des éditeurs par le MESRI pour toute la communauté universitaire et sont accessibles via le portail ISTEX. Petit à petit, en fonction des négociations avec les éditeurs, le portail s’étoffe de nouvelles ressources acquises dans le cadre de ces Licences nationales.

ISTEX prend plus largement place dans le vaste projet BSN (bibliothèque scientifique numérique) en 10 points avec 10 équipes projet, qui avaient pour but de rénover l’accès à l’information scientifique et technique à travers divers éléments à réorganiser et moderniser en fonction des pratiques actuelles. Ex : Les pratiques anciennes telles le PEB (prêt entre bibliothèque) devenaient obsolètes et ne répondaient plus aux besoins de la communauté universitaire.

BSN a finalement évolué vers le CoSO (comité pour la science ouverte). Ce dernier est composé d’experts chargés d’accompagner les initiatives pour la science ouverte. L’objectif est de mettre à disposition de tous et rapidement les résultats des données de la Recherche.

Istex répond à cet objectif. L’Agence bibliographique de l’enseignement supérieur, le CNRS, l’Université de Lorraine et Couperin ont participé à l’élaboration d’Istex. Il s’agit d’une initiative d’excellence faisant partie des investissements d’avenir du MESRI.

Cette plateforme donne accès à du texte intégral et permet, grâce à des services qui se développent aujourd’hui, de faire de la fouille de texte ou data mining


ISTEX mode d’emploi:

Tout d’abord, après avoir défini son champs d’étude, aller sur Istex-dl , plateforme qui a permis de faciliter l’extraction de corpus d’Istex

Ex de recherche sur ISTEX:

 » Space and Planetary Science« ,

  • choisir ensuite la langue voulue
  • le format d’extraction voulu
  • puis télécharger.

Une fois le corpus téléchargé, utiliser Lodex à télécharger sur Gitub. C’est un outil open source.

Une fois téléchargé et installé, voici des tutos pour l’utiliser.

Vous trouverez aussi le wiki de Lodex en anglais pour de plus amples renseignements ainsi que la page de Lodex pour l’utilisateur, réalisée par l’INIST-CNRS

A partir de là, vous pouvez par exemple transformer un jeu de données en site web. L’outil peut générer des graphiques, des statistiques, des cartes avec vos données. Il est adapté au web sémantique et génère automatiquement des URI, adresses web pérennes par opposition aux URL basées sur la localisation de vos données.

Via le format ARK, il génère aussi des identifiants perennes

Sur le site de l’INIST-CNRS, vous avez toutes les infos ainsi qu’un ensemble de tutoriels.


graphisme

AUTRES OUTILS : GARGANTEX et CILLEX

Ces outils sont conçus pour vous fournir :

  • GARGANTEX Des cartes évolutives et dynamiques au fur et à mesure que vous travaillez :
  • CILLEX Des cartes en fonction des métadonnées récupérées lors d’une requête dans l’API ISTEX. Ces cartes aident à la sélection de métadonnées pertinentes liées à un choix de recherche.
dandelion

Bon, voilà . On a fait le tour. C’est rapide mais l’essentiel y est. A tester maintenant pour ceux qui veulent. Voir cet exemple. Sympa non les graphiques !

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